弊社では、ファイル数カウントツールFbFileScannerを自社開発して無償公開しています。
FbFileScannerは、バッチプログラムから呼び出せるコマンドラインツールなので、週末や休暇期間などにまとめて実行することで、数千万文書を超える大容量のファイルサーバの多数の共有フォルダを数えることができます。
とはいえ、それほど文書数が多くない一般のユーザの場合、GUI画面でビジュアルにファイルサーバの利用状況を可視化できるツールがあればという意見もよく聞きます。
そういった場合、こちらのツールがおすすめです。(これの出来が非常に良いので、弊社で似たようなものを開発する予定はありません。)
WizTree
個人で使う分には無料で、複数ユーザで使えるよう組織でライセンスを一括購入しても、数百ドル程度という破格の安さです。